Конституция определяет компетенцию Верховного Суда Республики Марий Эл в общей форме, а порядок образования, деятельности и конкретные полномочия определяются федеральными конституционными законами и федеральными законами.

Нормы, посвященные Верховному Суду Республики Марий Эл, содержатся в Федеральном конституционном законе от 31.12.1996 № 1-ФКЗ «О судебной системе Российской Федерации» (ст. 20), но основные нормы, относящиеся к его деятельности, содержатся в главе третьей ФКЗ от 07.02.2011 № 1-ФКЗ «О судах общей юрисдикции в Российской Федерации».

Верховный Суд республики является федеральным судом общей юрисдикции и действует в пределах территории Республики Марий Эл. Он является вышестоящей судебной инстанцией по отношению к районным судам, действующим на территории республики, и мировым судьям.

Верховный Суд в соответствии с установленной федеральными законами подсудностью рассматривает дела в качестве суда первой, апелляционной, кассационной инстанций, по новым и вновь открывшимся обстоятельствам, а также осуществляет иные полномочия в соответствии с федеральными законами.

В соответствии с ФКЗ от 07.02.2011 № 1-ФКЗ «О судах общей юрисдикции в Российской Федерации» Верховный Суд Республики Марий Эл действует в составе: Президиума суда, судебной коллегии по гражданским делам, судебной коллегии по административным делам, судебной коллегии по уголовным делам, что указывает на их специализацию.

Судебные коллегии формируются из числа судей Верховного Суда в составе его председателя и членов соответствующей судебной коллегии. Составы указанных судебных коллегий утверждаются Президиумом суда по представлению Председателя Верховного Суда.

Верховный Суд Республики Марий Эл в качестве суда первой инстанции рассматривает уголовные дела, в материалах которых содержатся сведения, составляющие государственную тайну; в отношении лиц, обладающих специальным статусом, и другие, указанные в части 3 статьи 31 Уголовно-процессуального кодекса Российской Федерации.

В соответствии со ст. 26 Гражданского процессуального кодекса Российской Федерации Верховный Суд республики в качестве суда первой инстанции рассматривает гражданские дела об оспаривании нормативных правовых актов органов государственной власти республики, затрагивающих права, свободы и законные интересы граждан и организаций;

о приостановлении деятельности или ликвидации регионального отделения либо иного структурного подразделения политической партии, межрегиональных и региональных общественных объединений, религиозных организаций; о приостановлении или прекращении деятельности средств массовой информации;

об оспаривании решений Центральной избирательной комиссии республики по выборам в органы государственной власти;

о присуждении компенсации за нарушение права на судопроизводство в разумный срок или права на исполнение судебного акта в разумный срок по делам, подсудным мировым судьям, районным судам, и другие.

Судебные коллегии Верховного Суда являются также судом апелляционной инстанции по делам, рассматриваемым по жалобам и представлениям на судебные решения районного суда, принятые им в качестве суда первой инстанции и не вступившие в законную силу.

Согласно статье 26 ФКЗ от 07.02.2011 № 1-ФКЗ «О судах общей юрисдикции в Российской Федерации» Президиум Верховного Суда республики образуется в составе Председателя, заместителей Председателя суда, входящих в состав Президиума суда по должности, и других судей Верховного Суда Республики Марий Эл в количестве, определяемом Президентом Российской Федерации.

Персональный состав Президиума суда утверждается Пленумом Верховного Суда Российской Федерации по представлению Председателя Верховного Суда Республики Марий Эл и при наличии положительного заключения Квалификационной коллегии судей Республики Марий Эл.

В настоящее время Президиум Верховного Суда Республики Марий Эл состоит из пяти судей.

Президиум Верховного Суда Республики Марий Эл в пределах своих полномочий рассматривает дела в кассационном порядке и по новым или вновь открывшимся обстоятельствам; утверждает по представлению Председателя Верховного Суда судебные составы судебной коллегии по гражданским делам, судебной коллегии по административным делам и судебной коллегии по уголовным делам из числа судей этого суда, осуществляет иные полномочия, предоставленные им законодательством; рассматривает материалы по изучению и обобщению судебной практики.

Рассматривая материалы по изучению и обобщению судебной практики, Президиум суда ориентирует суды на правильное применение судьями районных судов и мировыми судьями норм материального и процессуального права в своей практической деятельности.

Согласно регламенту суда, утвержденному Председателем суда 26 июня 2012 года, обзоры и обобщения судебной практики, утвержденные Президиумом, доводятся до сведения судей и аппарата суда, направляются в районные суды и мировым судьям для дальнейшего применения в практической деятельности, размещаются на сайте суда.